1991年以前，我國污水排放超標收費標準存在低于污水治理運行費用、收費級差過于簡單以及收費單價與超標倍數(shù)不協(xié)同等缺陷。為使污水與噪聲排污費征收標準與法規(guī)、標準配套，從而加強環(huán)境管理，原國家環(huán)保局、物價局、財政部于1991年聯(lián)合發(fā)布《關于調整超標污水和統(tǒng)一超標噪聲排污費征收標準的通知》，調整超標污水排污費和統(tǒng)一噪聲排污費征收標準。與此同時，在排污費征收過程中，一些排污企業(yè)排放污水的濃度雖低于國家標準，但其污染排放總量以及對環(huán)境的損害程度甚至超過了那些超標排污企業(yè)。為解決這一現(xiàn)實問題，原國家計委、財政部于1993年發(fā)布《關于征收污水排污費的通知》，對未超標的污水排放企業(yè)征收排污費，首次體現(xiàn)總量控制的政策導向。另外，受到工業(yè)企業(yè)排放SO2影響，酸雨污染也日趨嚴重，對農業(yè)、林業(yè)及建筑物產生嚴重危害。為加強對SO2排放的治理，同時籌集污染治理資金，1992年我國在一些酸雨污染嚴重并且具有一定經(jīng)濟承受力的地區(qū)進行試點，對工業(yè)燃煤SO2排污行為實行征收排污費。1998年發(fā)布的《關于在酸雨控制區(qū)和二氧化硫污染控制區(qū)開展征收二氧化硫排污費擴大試點的通知》（環(huán)發(fā)〔1998〕6號），擴大了SO2排污費的征收范圍，由原先的“兩省九市”擴大到“兩控區(qū)”。同年5月，財政部、原國家計委與原國家環(huán)?？偩致?lián)合發(fā)布《關于在杭州等三城市實行總量排污收費試點的通知》（環(huán)發(fā)〔1998〕73號），將杭州市、鄭州市、吉林市納入排污總量收費的試點范圍。