1996年，改革開放已近20年，城鎮(zhèn)化相繼在全國各地啟動，城鎮(zhèn)人口數(shù)量以每年0.2億人（增速約5%）的速度快速增加，城鎮(zhèn)環(huán)境基礎(chǔ)設(shè)施成為城鎮(zhèn)化發(fā)展的突出短板，也成為環(huán)境保護財政投入的重點領(lǐng)域。1996年8月，國務(wù)院發(fā)布《關(guān)于環(huán)境保護若干問題的決定》（國發(fā)〔1996〕31號）指出完善環(huán)境經(jīng)濟政策，切實增加環(huán)境保護投入，在基本建設(shè)、技術(shù)改造、綜合利用、財政稅收、金融信貸及引進外資等方面，抓緊制訂、完善促進環(huán)境保護、防止環(huán)境污染和生態(tài)破壞的經(jīng)濟政策和措施。銀行、財政等金融部門積極介入環(huán)境保護投融資體制，國外貸款、項目融資方式和證券市場等新的融資渠道不斷挖掘。1998年開始實施以發(fā)行國債投資基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)為重點的積極財稅政策，把城市環(huán)境基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)列為中央財政支持的重點，促進了城市污水和垃圾等環(huán)?；A(chǔ)設(shè)施的建設(shè)，當年首次增發(fā)100億元長期國債，將環(huán)?；A(chǔ)設(shè)施建設(shè)作為投資重點，次年增發(fā)國債600億元，在城市環(huán)境基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)、“三河三湖”污染治理、北京環(huán)境綜合整治等重點項目上共投入國債資金138億元，占全部國債資金總額的23%。據(jù)統(tǒng)計，1998—2000年，中央財政共發(fā)行國債460億元用于城市環(huán)境基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)。2001年使用國債資金28億元在具有代表性的自然生態(tài)系統(tǒng)、珍稀瀕危野生動植物的天然分布區(qū)、生態(tài)脆弱區(qū)以及濕地啟動野生動植物保護和自然保護區(qū)建設(shè)工程。